13機関は全員黒いコート来ており、13人のメンバーで構成されている組織。 元々は賢者アンセムの弟子6人のノーバディで結成され、徐々に人数を増やして13人にまで拡大。加入順にナンバーが割り振られている。 13機関は全員ノーバディであり、元の人間の名前に「X」を加えてアナグラム（入れ替え）した名称になっている。 それぞれが独創的な武器を操り、目的を果たすためソラたちの前に度々立ちはだかる。
キーブレードによってハートレスから解放された「人の心」を集めて「人の心のキングダムハーツ」を創り、完全な存在になることが目的とされている。 しかしマスターゼアノートの真の目的は、「キーブレード戦争を再来させ、世界を再編する」こと。 そのためにはキーブレード戦争の原因となった「Xブレード」を創り出す必要があり、Xブレードを創り出すためには「7つの純粋な光の意思」と「13の純粋な闇の意思」を衝突させることが望ましいと考えられている。 つまり13の闇（13人のゼアノート）を創り出すことが目的である。 ※真13機関
人間時代の名前はアンセム（ANSEM）⇒XEMNAS 13機関のリーダーであり、賢者アンセムの一番弟子だったゼアノートのノーバディ。
人間時代の名前はブライグ（BRAIG）⇒XIGBAR 人間時代はディラン、エレウスらと賢者アンセムの弟子として働いていた。 実力者だが性格は真面目とは程遠く、マスターゼアノートに協力してテラを闇に落とそうとした。 右目の眼帯はテラと戦ったときについたものである。
人間時代の名前はディラン（DILAN）⇒XALDIN 人間時代は賢者アンセムの弟子として働いていた。 黒くて長い髪を独特な形で編み込み、東洋の武人を思わせる姿をしている。 風の力と6本の長槍を自在に操る六槍流の使い手であり、戦闘のみならず話術にも長けている。
人間時代の名前はエヴェン（EVEN）⇒VEXEN 人間時代は賢者アンセムの弟子として働いており、非常に礼儀正しい男だった。 機関に入ってからはデータ集めと実験を何よりも好む研究者タイプである一方、残忍な性格で挑発されると頭に血がのぼりやすい危険人物。古参メンバーであることを誇りに思っており、新参者のマールーシャが幅を利かせることに不満を覚え、マールーシャをこころよく思っていなかった。
人間時代の名前はエレウス（AELEUS）⇒LEXAEUS 巨大な斧と土の力を武器に戦う、筋骨隆々とした大男。 物静かで思慮深い性格であり、機関の命令に対して忠実。 必要なことしか喋らず、行動ですべてを示そうとするタイプである。 ゼクシオンやヴィクセンとは古くからの付き合いであり、態度に出さないがマールーシャを快く思っていない。
人間時代の名前はイエンツォ（IENZO）⇒ZEXION 優れた頭脳と幻覚を見せる能力を持つ策略家。 性格は冷静で冷酷だがとても礼儀にうるさい。自分で手を下すことなく、裏で策をめぐらすことを好む。
人間時代の名前はアイザ（ISA）⇒SAIX 額に×の形の傷があり、「クレイモア」という大剣使いこなす。 冷静沈着な性格で喜怒哀楽をほとんど顔に出さないが、冷静な態度の裏に凶暴なものを抱えている。 バーサク状態になると顔つきが一変し、クレイモアの形状が先端が開いたものに変化する。 古いメンバーではないものの、ゼムナスの意思に誰よりも強く同調し、彼の信頼を得ている。 人間時代はアクセル（リア）と親友であり、感情豊かな普通の少年であった。
人間時代の名前はリア（LEA）⇒AXEL 2つのチャクラムと炎を自在に操る赤髪の男。 「記憶したか？」と言ってこめかみあたりをトントンと叩く癖がある。 機関の意向よりも独自の考えに従い、己の目的を優先して行動する機関の中でも異質の存在。 ロクサス、シオンとは親友であり、機関の命令に背いてでも親友のために立ち回る情の厚い男である。 DDD（ドリームドロップディスタンス）で人間に戻ったリアは目の下のラインが消えた。 さらにリクがキーブレードマスターとして認められた直後にキーブレードを出すことに成功し、無事キーブレード使いとなる。
人間時代の名前は判明していない。 非常に子供っぽく、軽いノリでおどけた性格。 シタールという楽器の武器と水の力を操る。 ホロウバスティオンにて、ソラ達に敗れて消滅した。
人間時代の名前は判明していない。 カードを武器とし、勝負のスリルを楽しむギャンブラー。 底知れぬ余裕を態度にも言葉にも常に漂わせており、まるでゲームを遊ぶかのように戦いを楽しむ。 野村氏お気に入りのキャラである。
人間時代の名前はラーリアム（LAURIAM）⇒MARLUXIA 巨大な鎌と花を操るピンク髪の男。 野心家であり、新顔ながら実力を買われて忘却の城の管理責任者となる。 ナミネを通じてソラの記憶を書き換え、ラクシーヌとともに機関を乗っ取る計画を企んでいたがアクセルの裏切りによって計画は狂ってしまい、最後はソラの予想外の力に敗れて消滅した。
人間時代の名前はエルレナ（ELRENA）⇒LARXENE ナイフと雷の力を武器とする機関の紅一点。 可愛らしい見た目とは裏腹に、性格は冷酷で一度怒り出すと手がつけられない。 マールーシャと共に機関を支配しようと企んでいたが最後はその性格があだとなり、ソラに敗れて消滅した。
人間時代の名前はソラ（SORA）⇒ROXAS ソラがハートレス化した際、ソラのノーバディ（ロクサス）が誕生した。 ※ロクサスはソラの中に宿るヴェントゥスの心の影響を受けたことにより、容姿がヴェントゥスそっくりになる。 記憶のないロクサスはゼムナスに名前を与えられ、機関のメンバーとして迎えられることになった。 機関の任務をこなす中、アクセル、シオンと仲良くなる。 任務の後は時計台でシーソルトアイスを食べながら語らうのが日課となり、いつしか3人は親友に。 レプリカ計画の全容を知り、自分の存在が誰なのかを確かめるために機関を飛び出してしまう。 行く当てもなく時計台に戻ると、そこに人形として完成したシオンが現れ対峙することになる。 シオンを倒したロクサスは同時にシオンの記憶を失ってしまう。 しかしシオン消失間際、「3人でアイスを食べた記憶」が戻り、消えゆくシオンの手を握り涙した。 その後シオンの願いを叶えるべく存在しなかった世界へ戻る。 そこでソラの記憶修復のために現れたリクと対峙し、闇の力を解放したリクに敗北する。 記憶を書き換えられ、仮想のトワイライトタウンに送られたロクサスはハイネたちと夏休みを過ごしていた。 ナミネ、アクセル、Dizと出会う中で徐々に記憶を取り戻したロクサスは、元の存在であるソラと接触し、ソラの中に帰還した。
レプリカ計画を遂行するためにヴィクセンによって作られた人形「No．i」。 そのため元の名前はなく、名前の由来も「Noi」にXを足したシオン（Xion）となっている。 ロクサスの「キーブレードを使う力」をコピーするために作られたため、ロクサスと行動を共にする中で彼女もキーブレードを扱えるようになる。 自分に記憶がないこと、キーブレードを扱えることなどロクサスと共通点が多いことから2人は仲良くなり、ロクサスを通じてアクセルとも仲良くなった。 偽機関員（リク）討伐の任務に失敗し、自分の存在に疑問を持ち始めたシオンにソラの記憶が流れ始める。 忘却の城に侵入し、自分の秘密（キーブレードをコピーする人形であること）を知り、機関から飛び出すがアクセルに連れ戻された。 自分がロクサスの記憶を吸収している影響でロクサスが弱体化していることに気づき、リクを通してナミネに会い、ソラの元へ還ろうとした。 しかし連れ戻しに来たアクセルに戦いを挑んで敗北し、傷を負ったアクセルもまた気を失った。 シオンはゼムナスに連れ去られ、人形として完成させられてしまう。 ゼムナスの計画通りにさせまいと、シオンは自らロクサスに挑んで敗北すること決意。 時計台でロクサスの前に現れ計画通り敗北し、ロクサスに「キングダムハーツの解放」を願い消滅した。
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キングダムハーツ3（KH3） 攻略の虎は、シナリオ攻略チャートはもちろんのことアイテムデータからやり込み情報まで様々な内容を掲載しています。
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